অষ্টমী ও নবমীর সন্ধিক্ষণে এই সন্ধি পুজো হয়ে থাকে ৷ আরও নিদিষ্ট করে বলতে হলে অষ্টমী তিথির শেষ ২৪ মিনিট ও নবমী তিথির প্রথম ২৪ মিনিট মিলিয়ে মোট ৪৮ মিনিট সময়ের মধ্যে সন্ধি পুজো সাঙ্গ করতে হয়৷ দুর্গাপূজায় এই সময়টার একটা বিশেষ মাহাত্ম্য রয়েছে।

পুরাণ অনুসারে অসুরদের সঙ্গে যুদ্ধের সময়ে দেবী অম্বিকার কপালে থাকা তৃতীয় নেত্র থেকে দেবী কালিকা প্রকট হয়েছিলেন ঠিক এই সময়কালেই। আবার অন্যত্র এমনটাও বলা হয়ে থাকে, পরাক্রমী অসুর রক্তবীজের সমস্ত রক্ত এই সন্ধি মুহূর্তেই দেবী চামুণ্ডা কালিকা খেয়ে ফেলেছিলেন।

তাই পণ্ডিতদের ব্যাখ্যায়, এই সন্ধিক্ষণ চলাকালীন সময়ে মা দুর্গার অন্তর থেকে সমস্ত স্নেহ, মমতা অদৃশ্য হয়ে যায়। সেই কারণেই সন্ধি পূজার সময়ে দেবীর দৃষ্টি পথ পরিষ্কার রাখা হয়, চামুণ্ডা দুর্গার চোখের সামনে দাঁড়াতে নেই।

অনেক জায়গায় এই সন্ধিপূজার সময় বলি দেওয়ার প্রথা রয়েছে। কোথাও ছাগল বলি হয়, যেখানে তা হয় না সেখানে কলা, আঁখ, চালকুমড়ো ইত্যাদিও বলি দেওয়া হয়। সন্ধিপুজোর এই বলি দান অষ্টমী তিথিতে হয় না, তা হয় সন্ধি পুজোর প্রথম দণ্ড অর্থাৎ ২৪ মিনিট পার হওয়ার পরেই।

শাস্ত্র মতে, সংযমী হয়ে উপবাসী থেকে সন্ধিব্রত পালন করলে নাকি যমদুখ থেকে মুক্তি মেলে। অর্থাৎ মৃত্যুর সময়ে মায়ের কৃপা লাভে যম স্পর্শ করতে পারে না। এমনকী বলা হয়ে থাকে , ভক্তিভরে সন্ধি পুজোয় যোগ দিলে সারা বছর দুর্গাপূজা না করেই সেই ফল লাভ করা যায়।আর এই পুজোয় সকলেরই যোগ দেওয়ার অধিকার রয়েছে। তবে মঙ্গল লাভ করতে হলে সত্যিকারের উপবাস প্রয়োজন। উপ-বাস অর্থাৎ দেবী সমীপে বাস করতে হবে। গোটা দিন দেবীর জপ করতে হবে। নিষ্ঠাভরে পুজোতেই মেলে মঙ্গল।

আশ্বিণের ষষ্ঠী তিথিতে দুর্গাপূজোর আয়োজন করেছিলেন শ্রীরামচন্দ্র। তখন বিভীষণ বিধান দিয়েছিলেন ১০৮টি লালপদ্ম দিয়ে দেবীর আরাধনা করলে দুর্গা প্রসন্না হবেন। কিন্তু পুজো করতে গিয়ে রামচন্দ্র দেখেন একটি ফুল কম। সেই সময়ে তির-ধনুক তুলে নিজের একটি চোখ উপড়ে ফেলতে চান দশরথনন্দন।

যদিও গোটাটাই ছিল মহামায়ার ছলনা। রামের ভক্তি দেখে দেবী নিজে আবির্ভূত হন। সেই ঘটনার থেকেই সন্ধি পুজোর সময়ে দেবীকে ১০৮টি পদ্ম নিবেদন করা হয়। সমসংখ্যাক প্রদীপ জ্বালানো হয়৷এজন্য সন্ধি পুজোর সময়েই দেবী মহামায়া মৃন্ময়ী মূর্তি থেকে চিন্ময়ী রূপে আসেন ও ভক্তের পূজা গ্রহণ করেন। ১০৮ প্রদীপ জ্বেলে প্রার্থনা করতে হয় যাতে দেবী সংসারের সব আঁধার মোচন করে দেন। তখন দেবী যেন জ্ঞানের আলো জ্বেলে দেন।

অষ্টমী ও নবমীর সন্ধিক্ষণে এই পুজো হয় বলে সাধারণত রাতের দিকেই এই পুজো হয়ে থাকে।